巴彦淖尔市医院地处美丽富饶的河套平原，巴彦淖尔市北依阴山山脉，南临黄河，是联结鄂尔多斯市、包头市、乌海市以及阿拉善盟的中心，地域经济十分发达。巴彦淖尔市医院位于临河区的东侧，交通方便。巴彦淖尔市医院经过几十年几代人的艰苦努力，成为了专科分类齐全、仪器设备精良、人才结构合理、技术理疗雄厚的集科研、教学、医疗、保健为一体的国家三级乙等医院，成为地区间少有的一所综合性医院。
内蒙古巴彦淖尔市医院占地 10.1 万平方米，建筑面积 59000平方米，开放病床 1000 余张，内设临床科室 30 多个，医技科室 15 个；在岗职工 近1300 人，高级人才170 余人。博士硕士研究生 20 余人，中级以上人员占总人数的 49% ；拥有核磁共振成像系统、全身螺旋 CT 、 C 型臂、 1000 毫安 X 光机及数字成像的万元以上设备 300 多台，固定资产达 2.0 亿多元。
巴彦淖尔市医院承担内蒙古医学院、包头市医学院、河套大学医学院学生的生产、教学、实习。承担了全市乡镇旗县医院的基层医务工作的进修学习，为发展全市的医疗卫生事业培养了近万名医务人员。医院的普通外科、神经外科、神经内科、儿科、心内科、骨科、泌尿外科、妇科、耳鼻咽喉科为医院的重要学科，急诊科、妇科、呼吸内科为自治区重点学科，能够完成各种疑难病症的诊治。其中骨科以硕士生导师武永刚博士为学科带头人，成为全市的重点学科。